Афанасий Семенович Мосалитинов родился в 1873 году в семье крестьян Курской губернии Грайворонского уезда Крюковской волости. Получил домашнее образование. В августе 1901 года Афанасий Семенович поступил в Верхотурский Свято-Николаевский монастырь послушником, а в 1903 году по прошению был определен в братство монастыря. 27 марта 1908 года настоятелем монастыря иеромонахом Ксенофонтом (Медведевым) Афанасий был пострижен в монашество с именем Аполлинарий.
Незадолго до революции иеродиакона Аполлинария возвели в сан иеромонаха.
В июле 1918 года в Верхотурском уезде начались восстания крестьян против советской власти. В организации этих выступлений большевики обвиняли духовенство. 29 июля (по новому стилю) для служения в церкви Нерукотворного образа Христа Спасителя в село Красногорское по благословению настоятеля Свято-Николаевского мужского монастыря в Верхотурье Ксенофонта (Медведева) был командирован иеромонах Аполлинарий. Жители села с радостью приняли нового служителя Церкви — в это жестокое время им была необходима поддержка словом Божиим. Но его служение в храме оказалось недолгим. Спустя небольшое время, иеромонах Аполлинарий отправился помолиться на могиле святого праведного Симеона Верхотурского в село Меркушино. В селе для охраны порядка расположился красноармейский отряд, члены которого с недоброжелательством относились к его главной святыне и монахам вообще. Обвинив иеромонаха Аполлинария в антисоветской деятельности, они арестовали его и отправили в Верхотурье. На следующий день, 12 сентября 1918 года, он был зверски убит: его закололи штыками недалеко от Верхотурья.
Вступление Белой армии в Верхотурье 13 октября 1918 года было воспринято как освобождение. Тело иеромонаха Аполлинария было найдено и привезено в монастырь, где 18 октября того же года он был погребен на монастырском братском кладбище.
Решением Священного Синода от 17 июля 2002 года преподобномученик Аполлинарий прославлен в Соборе новомучеников и исповедников Российских.
