Евгений Сергеевич Боткин родился 9 июня (27 мая по старому стилю) 1865 года в Царском Селе Санкт-Петербургской губернии в семье известного русского врача-терапевта, профессора Медико-хирургической академии Сергея Петровича Боткина. Он происходил из купеческой династии Боткиных, представители которой отличались глубокой православной верой и благотворительностью, помогали Православной Церкви не только своими средствами, но и своими трудами.
Евгений получил основательное домашнее образование, которое позволило ему в 1878 году поступить сразу в пятый класс 2-й Санкт-Петербургской классической гимназии. В 1882 году Евгений окончил гимназию и стал студентом физико-математического факультета Санкт-Петербургского университета. Однако, на следующий год, сдав экзамены за первый курс университета, он поступил на младшее отделение открывшегося приготовительного курса императорской Военно-медицинской академии. В 1889 году Евгений успешно окончил академию, получив звание лекаря с отличием, и с января 1890 года начал свою трудовую деятельность в Мариинской больнице для бедных.
В 25 лет Евгений Сергеевич Боткин вступил в брак с дочерью потомственного дворянина Ольгой Владимировной Мануйловой. В их семье выросло четверо детей.
Одновременно с работой в больнице Е. С. Боткин занимался наукой, его интересовали вопросы иммунологии, сущности процесса лейкоцитоза. В 1893 году он блестяще защитил диссертацию на степень доктора медицины. Через 2 года Евгений Сергеевич был командирован за границу, где проходил практику в медицинских учреждениях Гейдельберга и Берлина. В 1897 году Евгений Ботин был удостоен звания приват-доцента по внутренним болезням с клиникой.
С 1897 года начал свою врачебную деятельность в общинах сестер милосердия Российского Общества Красного Креста. 19 ноября 1897 года он стал врачом в Свято-Троицкой общине сестер милосердия, а с 1 января 1899 года стал также главным врачом Санкт-Петербургской общины сестер милосердия в честь святого Георгия.
В 1904 году началась русско-японская война, и Евгений Сергеевич, оставив жену и четверых маленьких детей, добровольцем отправился на Дальний Восток. 2 февраля 1904 года постановлением Главного управления Российского Общества Красного Креста он был назначен помощником Главноуполномоченного при действующих армиях по медицинской части. Во время войны Евгений Сергеевич написал с фронта множество писем, из которых составилась целая книга – «Свет и тени русско-японской войны 1904–1905 годов». Эта книга вскоре была опубликована, и многие, прочитав ее, открыли для себя новые стороны петербургского врача: его христианское, любящее, безгранично сострадательное сердце и непоколебимую веру в Бога. Императрица Александра Феодоровна, прочитав книгу Боткина, пожелала, чтобы Евгений Сергеевич стал личным доктором Царской семьи. В пасхальное воскресенье, 13 апреля 1908 года, император Николай II подписал указ о назначении доктора Боткина лейб-медиком Высочайшего двора.
Теперь, после нового назначения, Евгений Сергеевич должен был постоянно находиться при императоре и членах его семьи, его служба при царском дворе протекала без выходных дней и отпусков.
В феврале 1917 года в России произошла революция. 2 марта государь подписал Манифест об отречении от престола. Царская семья была арестована и заключена под стражу в Александровском дворце. Евгений Сергеевич не оставил своих пациентов: он добровольно решил находиться с ними, несмотря на то, что должность его была упразднена, и ему перестали выплачивать жалованье. В это время Боткин стал для царственных узников больше, чем другом: он взял на себя обязанность был посредником между императорской семьей и комиссарами, ходатайствуя обо всех их нуждах.
Когда Царскую семью было решено перевезти в Тобольск, доктор Боткин оказался среди немногих приближенных, которые добровольно последовали за государем в ссылку.
В апреле 1918 года доктор Боткин вызвался сопровождать царскую чету в Екатеринбург, оставив в Тобольске своих родных детей. В Екатеринбурге большевики снова предложили слугам покинуть арестованных, но все отказались. В ночь с 16 на 17 июля 1918 года Царская семья, их приближенные, в том числе и доктор Боткин, были расстреляны в подвале дома Ипатьева.
За несколько лет до своей кончины Евгений Сергеевич получил титул потомственного дворянина. Для своего герба он выбрал девиз: «Верою, верностью, трудом». В этих словах как бы сконцентрировались все жизненные идеалы и устремления доктора Боткина. Глубокое внутреннее благочестие, самое главное – жертвенное служение ближнему, непоколебимая преданность Царской семье и верность Богу и Его заповедям во всех обстоятельствах, верность до смерти. Такую верность Господь приемлет как чистую жертву и дает за нее высшую, небесную награду: Будь верен до смерти, и дам тебе венец жизни (Откр. 2, 10).
Решение о канонизации с включением в месяцеслов имени Евгения Боткина как «страстотерпца праведного Евгения, врача» было принято на Архиерейском соборе Русской Православной Церкви 2-3 февраля 2016 года. Прославление в Лике святых состоялось 7 февраля 2016 года, в день праздника Собора новомучеников и исповедников Церкви Русской в екатеринбургском Храме на Крови.