Иван Стефанович Плотников родился 3 апреля 1864 году в селе Катайское Камышловского уезда Пермской губернии в семье священнослужителя.
Он окончил Катайское приходское училище, а в 1880 году − Далматовское духовное училище. Проучившись один год в Пермской духовной семинарии, в 1881 году вернулся в село Катайское. С 1882 по 1884 годы Иван Стефанович служил сначала в Пермском губернском управлении, а затем в уездном полицейском управлении деревни Савино.
С октября 1885 года началось служение Церкви − Иван Стефанович поступил псаломщиком в Троицкую церковь села Катайское. В марте 1887 года он был посвящен в стихарь.
Иван Стефанович увлекался исследованием климата и сотрудничал с Уральским обществом любителей естествознания (УОЛЕ). С 1896 года он стал его постоянным членом-корреспондентом.
Почти 22 года Иван Стефанович исполнял служение псаломщика. Только в мае 1907 года он был рукоположен во диакона и в августе 1908 года был перемещен для служения псаломщиком к Сретенской церкви Пышминского завода, кроме того, он преподавал пение в местной церковно-приходской школе.
В Сретенской церкви диакон Иоанн прослужил десять лет — до 1918 года. После того, как власть в Пышминском поселке захватили большевики, завод был национализирован. Жители поселения бедствовали: процесс производства на заводе был нарушен, поднялись цены на самые необходимые товары, начались безработица, голод. Недовольство создавшимся положением обернулось тем, что заводчане арестовали местное большевистское руководство.
12 августа 1918 года в поселок Пышминский завод ворвалась конная разведка красноармейского отряда под руководством П. Хохрякова. Утром этого дня диакон Иоанн с настоятелем церкви священником Иоанном Пьянковым совершили отпевание. Затем, так и не сняв подрясника, он пошел косить сено. Дорога шла через гору Высокую. Вечером, возвращаясь с покоса, диакон Иоанн Плотников был убит красноармейцами «как представитель реакционного класса».
16 августа 1918 года диакон Иоанн был отпет и погребен на приходском кладбище Сретенской церкви.
Решением Священного Синода от 17 июля 2002 года священномученик Иоанн Плотников прославлен в Соборе новомучеников и исповедников Российских.
