Мощи преподобного Сергия были обретены 5 июля (по старому стилю) 1422 года при преподобном игумене Никоне.
В 1408 году, когда Москва и ее окрестности подверглись нашествию татарских орд Едигея, Троицкая обитель была опустошена и сожжена, иноки во главе с игуменом Никоном укрылись в лесах, сохранив иконы, священные сосуды, книги и другие святыни, связанные с памятью преподобного Сергия. В ночном видении накануне татарского набега преподобный Сергий известил своего ученика и преемника о грядущих испытаниях и предрек в утешение, что искушение будет непродолжительно и святая обитель, восстав из пепла, процветет и еще более возрастет.
Пред началом строительства нового храма во имя Живоначальной Троицы на месте деревянного, освященного 25 сентября 1412 года, преподобный явился одному благочестивому мирянину и велел известить игумену и братии: «Зачем оставляете меня столько времени во гробе, землей покровенного, в воде, утесняющей тело мое?» И вот при строительстве собора, когда рыли рвы для фундамента открыты и изнесены были нетленные мощи преподобного, и все увидели, что не только тело, но и одежды на нем были невредимы, хотя кругом гроба действительно стояла вода. При большом стечении богомольцев и духовенства, в присутствии сына Димитрия Донского, князя Звенигородского Юрия Димитриевича, святые мощи были изнесены из земли и временно поставлены в деревянной Троицкой церкви (на том месте находится теперь церковь Сошествия Святого Духа). При освящении в 1426 году каменного Троицкого собора они были перенесены в него, где и пребывают доныне.
Все нити духовной жизни Русской Церкви сходятся к великому Радонежскому угоднику и чудотворцу, по всей православной Руси благодатные животворящие токи распространяются от основанной им Троицкой обители.
Почитание Святой Троицы в русской земле началось со святой равноапостольной Ольги, воздвигшей первый на Руси Троицкий храм в Пскове. Позже воздвигались такие храмы в Великом Новгороде и других городах.
Духовный вклад Преподобного Сергия в богословское учение о Святой Троице особенно велик. Преподобный глубоко прозирал сокровенные тайны богословия «умными очами» подвижника — в молитвенном восхождении к Триипостасному Богу, в опытном Богообщении и Богоуподоблении.
Радонежский подвижник, его ученики и собеседники, обогатили Русскую и Вселенскую Церковь новым богословским и литургическим ведением и видением Живоначальной Троицы, Начала и Источника жизни, являющей Себя миру и человеку в соборности Церкви, братском единении и жертвенной искупительной любви ее пастырей и чад.
Духовным символом собирания Руси в единстве и любви, исторического подвига народа стал храм Живоначальной Троицы, воздвигнутый Преподобным Сергием, «чтобы постоянным взиранием на Нее побеждался страх ненавистной розни мира сего».
Почитание Святой Троицы в формах, созданных и завещанных святым игуменом Радонежским, стало одной из наиболее глубоких и самобытных черт русской церковности.
Весь духовный опыт и духовное устремление Русской Церкви воплотились в литургическом творчестве праздника Святой Троицы, троицких церковных обрядов, икон Святой Троицы, храмов и обителей Ее имени.
Ныне Дом Живоначальной Троицы служит одним из главных благодатных центров Русской Православной Церкви. Здесь изволением Святого Духа совершаются деяния Поместных Соборов Русской Церкви. В обители имеет местопребывание Святейший Патриарх Московский и всея Руси, который носит на себе особенное благословение преподобного Сергия, являясь, по установившемуся правилу, «Свято-Троицкой Сергиевой Лавры священноархимандритом».
Тропарь преподобнаго Сергия, глас 8:
От юности восприял еси Христа в души твоей, преподобне,/ и паче всего вожделел еси мирскаго мятежа уклонитися,/ мужески в пустыню вселился еси/ и чада послушания в ней, плоды смирения, возрастил еси./ Тем быв Троице вселение,/ чудесы твоими всех просветил еси, приходящих к тебе верою,/ и исцеления всем подай обильно./ Отче наш Сергие, моли Христа Бога, да спасет души наша.
Кондак преподобного Сергия, глас 8:
Днесь, яко солнце пресветло, возсиявше от земли,/ честныя мощи твоя нетленны обретошася,/ яко благоуханный цвет, множеством чудес сияюще,/ и всем верным источающе различная исцеления,/ и веселяще избранное твое стадо,/ еже мудре собрав, добре паствил еси./ О нихже и ныне Троице предстоиши, моляся,/ и воинству победительная на враги даровати,// да вси вопием ти: радуйся, Сергие богомудре.