Янис (Иоанн) Поммер родился 6 (19) января 1876 года на хуторе Илзессала Праулиенской волости в семье православного крестьянина-латыша.
В 1900 году Иоанн поступил в Киевскую духовную академию. В 1903 году, в 27 лет, он принял монашеский постриг, 23 сентября 1903 года рукоположен в сан иеродиакона, а 13 июля 1904 года — в сан иеромонаха.
26 сентября 1907 года архиепископом Вологодским иеромонах Иоанн возведен в сан архимандрита.
Будучи прекрасным проповедником, архимандрит Иоанн прилагал много сил, чтобы поставить искусство проповеди на самый высокий уровень, лично прослушивает проповеди воспитанников, дает ценные указания и пояснения. Большое внимание уделяет благолепию храма и монастыря.
Архимандрит Иоанн совершает крестные ходы в сельские приходы с чудотворной иконой Божией Матери. В крестных ходах принимает участие огромное число молящихся. Истовые богослужения, молитвенное и внятное чтение, прекрасные проповеди глубоко проникают в души православного народа. В сердцах людей возгревается сила веры, надежды и любви.
Архимандрит Иоанн, следуя за Христом, вмещал в своем сердце нужды угнетенных и обездоленных. Особенно любила его русская и белорусская беднота, получавшая через него работу, защиту и поддержку. В этом проявляется подлинная сущность христианского пастыря, не делающего разницы между рабом и свободным, эллином, иудеем или представителем любого народа.
11 марта 1912 года в Александро-Невской лавре собором епископов во главе с Митрополитом Московским Владимиром и Митрополитом Киевским Флавианом архимандрит Иоанн был хиротонисан во епископа и назначен в город Слуцк викарием архиепископа Минского Михаила.
Наступило время тяжких испытаний и трагических потрясений Первой мировой войны и лихолетья 1917 года.
20 сентября 1917 года Святейший Патриарх Тихон назначает епископа Иоанна на служение в Тверскую епархию, где была нарушена мирная церковная жизнь. Мудрый архипастырь быстро налаживает церковную жизнь.
Видя в епископе Иоанне доброго и мудрого пастыря, Патриарх возводит его в сан архиепископа, назначает архиепископом Пензенским и Саранским и направляет на врачевание раскола и ереси.
В это время благочестивые пастыри и миряне Латвии обратились к Святейшему Патриарху Тихону со смиренной просьбой благословить окормлять латвийскую паству архиепископа Иоанна (Поммера), стяжавшего любовь твердостью в вере и исповедническим подвигом.
Владыка Иоанн уврачевал раскол в Пензенской епархии, и Патриарх назначил его Рижским архиепископом и благословил на отъезд в Латвию, но пензенские клирики и миряне не хотели отпускать глубоко любимого владыку. И только ввиду неотступности просьб латвийской паствы Святейший Патриарх Тихон дал окончательное согласие на отъезд архиепископа Иоанна в Латвию, удостоив его благодарственной грамоты за самоотверженный и плодотворный труд на различных местах служения в России.
21 июня 1921 года Святейший Патриарх Тихон дарует права широкой автономии Православной Церкви в Латвии и своим указом назначает архиепископа Пензенского Иоанна (Поммера) архиепископом Рижским и Латвийским.
По воле Божией владыка возвращается в Латвию с богатым духовным и административным опытом, приобретенным на предшествовавших кафедрах. На всех этапах своего служения он руководствовался прежде всего идеей духовного возрождения церковной жизни, служения Богу и людям.
Много сил и трудов потребовало утверждение прав Латвийской Православной Церкви в государстве. Только благодаря неустанным самоотверженным трудам архиепископа Иоанна удалось достичь регистрации Церкви как полноправного юридического лица. Владыка Иоанн свято чтил каноны Святой Православной Церкви и считал важнейшим для самостоятельной Латвийской Православной Церкви духовно находиться в лоне Матери-Церкви Московского Патриархата. Он отвергал все потуги Константинопольского Патриархата и карловацких раскольников заставить Латвийскую Церковь порвать с Матерью-Церковью, единство с которой является для нас завещанием святого архипастыря.
Охраняя Церковь, он не щадил себя и поэтому пользовался всеобщей любовью ревнителей благочестия как в Латвии, так и далеко за ее пределами. Однако, здоровье его было подорвано непосильными трудами и тяжелыми условиями жизни. Страдая телесными недугами, он был вынужден переехать на архиерейскую дачу у Кишозера — место своей мученической кончины.
12 октября 1934 года владыка был жестоко замучен и убит неизвестными. На похороны архиепископа Иоанна кафедральный собор не мог всех вместить. Множество народа стояло вдоль улиц, по которым должны были пронести останки священномученика. Память о святом хранилась в сердцах православных, и ничто, даже страх преследований, не могло изгладить ее.
На протяжении долгих десятилетий на Покровском кладбище в Риге у усыпальницы священномученика свежие цветы, свечи, богомольцы. Известны факты исцеления и помощи Божией людям по молитвам святого предстателя земли Латвийской.
