Владимир Павлович Холодковский родился в ноябре 1895 года в поселке Каменский завод Шадринского уезда Пермской губернии в семье государственного чиновника (коллежского регистратора).
Образование он получил в Екатеринбургской паломнической школе, которую окончил в 1912 году. С 1912 по 1918 годы он служил псаломщиком в Вознесенской церкви села Завьяловское Камышловского уезда (ныне Талицкий район). В 1916 году женился.
Революция, Декрет об отделении Церкви от государства и антирелигиозная политика властей не смутили Владимира Холодковского. Он принял решение до конца жизни посвятить себя духовному служению. В 1918 году он был рукоположен в сан диакона и стал служить в Пророко-Ильинской церкви села Тимохинское Камышловского уезда.
В годы Гражданской войны район, в котором служил диакон Владимир, несколько раз переходил от Красной армии к Белой и обратно. Местное население разделилось на две противоборствующие стороны. Большевики, захватившие власть, начали репрессивную политику против русского народа, особенно против духовенства.
Весной 1918 года ожесточение с обеих сторон было ужасающее. Сочувствовавших большевикам стали называть «фракциинами». С приходом Белой армии в некоторых селах местные жители расправлялись с ними по-своему: устраивали им публичную порку и заставляли просить прощения у людей, пострадавших от советской власти. Судьба сочувствовавших большевикам односельчан обычно решалась на собрании жителей села.
Однако период свободы от большевиков был недолгим. Летом 1919 года войска адмирала Колчака стали отступать. Зная о том, что пастырям, которые оставались на территории, переходившей под контроль Советов, большевики устраивали жестокую расправу, диакон Владимир эвакуировался, отступив с Белой армией до Новосибирска, где недолго служил в Покровской церкви.
17 марта 1920 года диакон Владимир вернулся обратно на место своего служения в село Тимохинское. В декабре он был рукоположен в сан иерея и определен к Николаевской церкви села Тупицинское . С 1925 по 1927 годы отец Владимир служил в церкви в честь Боголюбской иконы Божией Матери села Юрмытское. В 1927 года эта церковь перешла к обновленцам (Обновленчество – раскольническое движение в русском Православии – прим.ред.). Ревностного православного пастыря сменил раскольник, о котором жители говорили, что он «совершенно неверующий человек».
Священник Владимир, отрицательно относившийся к «живоцерковникам», в 1927 году вернулся в село Тупицынское, где прихожане были готовы защищать церковь и своего батюшку от обновленцев.
Во второй половине 1929 года партийное руководство страны провозгласило курс на сплошную коллективизацию. На Урале ее планировалось завершить осенью 1931 года. Составной частью коллективизации стало раскулачивание. Во многих регионах страны начались массовые крестьянские волнения. Повсеместно крестьяне стали сворачивать свои хозяйства, забивать скот, продавать инвентарь. Трудности, возникшие в ходе коллективизации, власти объясняли сопротивлением кулацкого элемента и служителей культа. Началось закрытие и разрушение церквей, духовенство облагалось непомерными налогами.
В конце октября 1929 года в местное отделение Государственного политического управления поступило заявление с просьбой принять срочные меры к священнику Холодковскому, так как он в проповедях агитирует против Советской власти. Меры были приняты. 1 ноября 1929 года пресвитер Владимир был арестован и отправлен в Шадринский исправдом. 26 декабря того же года ему было предъявлено обвинение в антисоветской агитации против мероприятий, проводимых советской властью.
Свою вину священник Владимир Холодковский не признал. Особое Совещание при Коллегии Объединенного государственного политического управления приговорило священника к 5 годам концлагерей.
Где священник Владимир Холодковский отбывал это наказание не известно. Известно, что лагерный срок он отбыл полностью и в 1935 году, после освобождения, вернулся на место своего служения в село Тупицынское и вновь стал служить в Никольской церкви. Была восстановлена церковная община, начались церковные богослужения.
Когда в 1936 году власти попытались закрыть храм, иерей Владимир созвал собрание верующих, а по окрестным деревням начали собирать подписи в защиту церкви. Снова на священника Холодковского стали поступать доносы, в которых его обвиняли в антисоветской деятельности.
В 1937 году Управлением НКВД по Челябинской области было сфабриковано дело о «контрреволюционной монархической организации церковников» в Камышловском и Пышминском районах. В июне того же года начались аресты. Всего по делу «контрреволюционной организации» было арестовано 29 человек.
В Пышминском районе сфабрикованная «контрреволюционная группа» состояла из 10 человек якобы во главе с благочинным района. В нее включили и священника Владимира Холодковского, на которого в начале 1937 года завели новое дело.
Протоколы допросов священника Холодковского – свидетельства его христианской твердости и мужества. В ходе них он отстаивал свои убеждения. Через месяц следователи «получили доказательства» вины пресвитера Владимира Холодковского и других подследственных. В результате почти все арестованные по делу «контрреволюционной монархической организации церковников» признали свою вину.
Все «показания свидетелей» иерей Владимир отрицал, предъявленные обвинения отверг. Он держался стойко, с достоинством, никого не оговорил и виновным себя не признал.
4 августа 1937 года было составлено обвинительное заключение. Иерею Владимиру вменялась систематическая пораженческая агитация, клевета в адрес политики партии и Советской власти.
11 августа 1937 года заседание тройки при УНКВД по Челябинской области приговорило священника Холодковского Владимира Павловича к высшей мере наказания. 13 августа 1937 года в 17 часов приговор был приведен в исполнение.
В 2006 году священник Владимир Холодковский был прославлен в Соборе новомучеников и исповедников Российских; в 2010 году – в Соборе Екатеринбургских святых.