Владимир Павлович Холодковский родился в ноябре 1895 года в поселке Каменский завод Шадринского уезда Пермской губернии в семье государственного чиновника (коллежского регистратора). Образование он получил в Екатеринбургской паломнической школе, которую окончил в 1912 году. С 1912 по 1918 годы он служил псаломщиком в Вознесенской церкви села Завьяловское Камышловского уезда (ныне Талицкий район). В 1916 году женился.
Революция, Декрет об отделении Церкви от государства и антирелигиозная политика властей не смутили Владимира Холодковского. Он принял решение до конца жизни посвятить себя духовному служению. В 1918 году он был рукоположен в сан диакона и стал служить в Пророко-Ильинской церкви села Тимохинское Камышловского уезда.
С 1925 по 1927 годы отец Владимир служил в церкви в честь Боголюбской иконы Божией Матери села Юрмытское. В 1927 года эта церковь перешла к обновленцам. Священник Владимир, отрицательно относившийся к «живоцерковникам», в 1927 году вернулся в село Тупицынское, где прихожане были готовы защищать церковь и своего батюшку от обновленцев.
В конце октября 1929 года в местное отделение Государственного политического управления поступило заявление с просьбой принять срочные меры к священнику Холодковскому, так как он в проповедях агитирует против Советской власти. Меры были приняты. 1 ноября 1929 года пресвитер Владимир был арестован и отправлен в Шадринский исправдом. 26 декабря того же года ему было предъявлено обвинение в антисоветской агитации против мероприятий, проводимых советской властью.
Свою вину священник Владимир Холодковский не признал. Особое Совещание при Коллегии Объединенного государственного политического управления приговорило священника к пяти годам концлагерей.
После освобождения он вернулся на место своего служения в село Тупицынское и вновь стал служить в Никольской церкви. Была восстановлена церковная община, начались церковные богослужения.
В 1937 году Управлением НКВД по Челябинской области было сфабриковано дело о «контрреволюционной монархической организации церковников» в Камышловском и Пышминском районах. На священника Владимира Холодковского завели новое дело.
11 августа 1937 года заседание тройки при УНКВД по Челябинской области приговорило священника Холодковского Владимира Павловича к высшей мере наказания. 13 августа 1937 года в 17 часов приговор был приведен в исполнение.
В 2006 году священник Владимир Холодковский был прославлен в Соборе новомучеников и исповедников Российских; в 2010 году – в Соборе Екатеринбургских святых.