Николай Петрович Пономарев родился в 1867 году. После окончания народного училища он в 1885 году был определен на должность псаломщика и стал служить в Николаевской церкви села Осинцевского Ирбитского уезда. 18 сентября 1902 года Николай Петрович был переведен в церковь в честь святителя Николая Чудотворца села Шогрышского, того же уезда, где и провел всю оставшуюся жизнь.
Каменный храм во имя святителя Николая с приделами в честь Казанской иконы Божией Матери и мучеников Флора и Лавра был построен в селе на средства прихожан в первой трети XIX столетия. К началу ХХ века в селе Шогрышском, вместе с окрестными деревнями, проживало около четырех тысяч жителей, причем среди них не было ни раскольников, ни сектантов, что было редкостью для уральских селений. Жители Шогрышского занимались главным образом земледелием, а также различными промыслами: рубкой дров на соседних железоделательных заводах, выработкой древесного угля, разработкой каменного угля на Егоршинских копях, заготовкой торфа из болот и тому подобным. По штату к Никольской церкви было положено трое членов причта: один священник, один диакон и один псаломщик. Жили семьи священно- и церковнослужителей в двух домах при церкви.
Мирно текла сельская жизнь псаломщика Николая Пономарева. В августе 1916 года он был удостоен рукоположения в сан диакона и оставлен на прежнем месте — в селе Шогрышском. К тому времени ему было уже почти пятьдесят лет. Вероятно, это рукоположение, совершившееся после многих лет служения Церкви, стало для отца Николая началом совершенно нового этапа в жизни и было связано с глубокими духовными переживаниями. Но продолжиться его служению суждено было недолго: через два года, в 1918 году, он принял мученическую смерть от рук большевиков.
Советская власть установилась в Ирбитском уезде в начале февраля 1918 года. С самого начала волостные и сельские Советы стали проявлять враждебное отношение к священнослужителям, начались аресты. Тревожные вести одна за другой доходили до отца Николая: в последних числах февраля был арестован и заключен в тюрьму священник близлежащего села Белослудского Меньшиков, делались неоднократные попытки арестовать священника села Антоновского Ряпосова.
Летом 1918 года Урал оказался в районе боевых действий. В Ирбитском уезде было введено военное положение. Фронт приближался к селу Шогрышскому: в начале июля началось наступление чехов на село Егоршинское, находившееся лишь в нескольких километрах от Шогрышского. Обстановка становилась все более напряженной, в окрестностях усилился красный террор: в Егоршинском был зверски убит отец Константин Словцов, в селе Коптеловском — отец Николай Удинцев, в селе Покровском — отец Платон Горных с двумя прихожанами; священника села Сарафанного отца Флорентия Троицкого дважды арестовывали.
Страшная участь постигла и отца Николая Пономарева. 28 июля/10 августа, в день Смоленской иконы Божией Матери, его отправили на станцию Егоршино на общественные работы, вскоре после чего он был убит большевиками.
В конце 1918 — начале 1919 года имя отца Николая Пономарева было включено в Список убиенных в 1918 году в Екатеринбургской епархии священно- и церковнослужителей, который был составлен с целью их поминовения во всех храмах и монастырях епархии.
В 2002 году священномученик Николай был прославлен в Соборе новомучеников и исповедников Церкви Русской от Екатеринбургской епархии; в 2010 году – в Соборе Екатеринбургских святых.