С 1995 года митрополит Иоанн возглавляет Синодальный миссионерский отдел. В тесном взаимодействии с отделом строят свою миссионерскую работу епархии Русской Православной Церкви.
Напомним, что 3-5 октября в Екатеринбурге прошел семинар «Стандарты миссионерских практик в духовном образовании», для участия в котором собрались священнослужители и миряне епархий Русской Православной Церкви, располагающихся на территории Уральского федерального округа. Митрополит Иоанн возглавил работу семинара в качестве со-председателя, сотрудники Синодального миссионерского отдела сделали на съезде несколько докладов.
4 октября, в день памяти святителя Димитрия Ростовского, которого по праву называют величайшим миссионером, митрополит Иоанн участвовал в соборном служении Божественной Литургии в Храме-Памятнике на Крови во имя Всех Святых, в Земле Российской просиявших.